«Крутицами» в древности назывались все крутые берега на Москве-реке и устье реки Яузы. Первое упоминание о Крутицах, как возможном месте постройки монастыря и храма относится к 13 веку, когда князь Даниил Московский решил было поставить здесь свой двор.
Но, юродивый, живший на этом месте отговорил, предсказав, что на этом месте будет построен храм и монастырь. Предсказание сбылось: в 1272 г на Крутицах были построены и освящены храм святых Апостолов Петра и Павла и при нем монастырь, известный как Крутицкое подворье Сарайской и Подонской епархии.
Во времена Золотой Орды, московские князья, перед тем как ехать на поклон в ханство, обязательно останавливались здесь, чтобы попросить заступничества у Богородицы в Успенском соборе Крутицкого подворья. А когда, в 1612 году, Успенский собор Московского Кремля был захвачен поляками, Успенский же собор подворья стал главным (кафедральным) собором России.
В разные годы Крутицкое подворье являлось одним из центров духовного просвещения. Так, например, во второй половине XVII века подворье оказалось местом, где проводились работы по переводу книг Священного Писания с греческого на русский язык.
Во время Отечественной войны 1812 года Крутицы, как и значительная часть Москвы, сильно пострадали от пожара: в Успенском соборе выгорела крыша, был полностью уничтожен иконостас. После революции и прекращения богослужений в 1920-х годах, церковная утварь была разграблена, священные изображения на стенах со временем замазаны, надгробия в Храме Воскресения частично разбиты. Во второй половине 1920-х годов Успенский собор был передан под общежитие Московскому военному округу, а на месте древнего кладбища было устроено футбольное поле.
В 1947 году была проведена реставрация комплекса. В 1964 г. Успенский собор передан Обществу охраны памятников, в 1968-м здесь разместился филателистический отдел Главкниги. Храм Петра и Павла некоторое время использовался как клуб. 26 июля 1982 года территория подворья была передана в аренду Государственному историческому музею. С 1991 г значительная часть помещений подворья была возвращена Русской Православной Церкви.
В 2003–2004 гг купола Успенского собора были покрыты медью, а старые кресты заменены новыми, покрытыми позолотой.